Dopo la fase di estrazione, con la centrifuga dello smielatore, è necessaria un'operazione che consente di eliminare eventuali residui di cera che possono essersi mescolati con il miele nel corso della centrifugazione. Questa operazione viene effettuata mediante la filtrazione, ed in successione la decantazione, per fornire un prodotto ottimale dal punto di vista visivo ed igienico.

Per eliminare queste impurità si utilizza un filtro di metallo a due reti che presentano diametri di fori di due dimensioni diverse; oltre ciò il miele passa anche attraverso un apposito sacco a filtro di materiale plastico che lo deposita nel maturatore. Il miele viene portato nel sistema filtrante per mezzo di un apposito secchiello. I filtri vengono spesso sostituiti per consentirne il lavaggio e l'asciugatura con aria calda.